中央研究院
Accelrys Discovery Studio & Materials Studio

2010.01

軟體名稱 說明

Discovery Studio
蛋白質及序列結構分析軟體
  1. 針對生命科學領域所開發的專業性研究軟體，可安裝在Windows與Linux作業系統
  2. 應用於蛋白質模擬、藥物官能基團分析與毒性預測、計算化學等領域
  3. 可讀取不同格式之檔案，並具有可客製化之功能，DS的使用介面(DS Visualizer)提供使用者明瞭、易懂的操作環境，加速生命科學領域研究之發展
  4. DS Sequence Analysis：比較蛋白質間之序列，並根據序列的相似程度，推測蛋白質之功能。
  5. 軟體以BLAST和PSI-BLAST演算法，蒐尋NCBI和本機資料庫，以找尋同源蛋白

Materials Studio
材料科學模擬軟體

 材料科學模擬軟體，在化學和材料領域，為結構和計算機研究者所設計的專業模擬軟體

　
模組名稱 適用對象與功能
Discovery Studio
DS Visualizer 提供使用者明瞭、易懂的操作環境，加速生命科學領域研究之發展
DS Sequence Analysis
  1. 為舊產品DS Modeling Protein Similarity Search之升級功能。
  2. 比較蛋白質間之序列，並根據序列的相似程度，推測蛋白質之功能。軟體以BLAST和PSI-BLAST演算法，蒐尋NCBI和本機資料庫，以找尋同源蛋白。
DS Biopolymer
  1. 建構和修改核酸、蛋白質以及多胜肽之結構，可計算分子表面之靜電力場(Electrostatic Potentials)和溶媒能(Solvation Energy)。
  2. DS Biopolymer藉由X-Ray電子雲圖，可建構蛋白質與配基模型(X-BUILD and X-LIGAND)。
DS MODELER 根據同源蛋白質之3D結構，自動、快速地進行目標蛋白質結構之建模。
DS Protein Families 藉由同源蛋白之序列與結構訊息，了解目標蛋白質之功能與分類，並進一步製做樹狀圖，進行物種演化之分析
DS CHARMm
  1. 透過古典力學與分子動力學，研究大、小分子的能量與變化性。
  2. DS CHARMm 可與DS之其它模組搭配，完成各種模擬計算，例如: 蛋白質、小藥物對接程式CDOCKER。
DS CHARMm Lite 執行in situ ligand minimization 　
DS Ludi
  1. 化學小分子設計程式。
  2. 利用小片段資料庫，配合蛋白質結構資訊，設計新的小分子或對已存在之小分子進行改造，篩選出具有潛力之小分子後再進行合成，以節省時間與資源 。
DS CNX
  1. 合併舊產品DS Modeling HT-XMR與HT-Xpipe之功能。
  2. 轉換X-Ray繞射與NMR實驗所得光譜成為電子雲圖 (electron density maps)，以建構巨分子立體結構 。

DS Modeling HT-XMR、DS Modeling HT-Xpipe產品功能已併入DS CNX，成為DS CNX獨立產品 　
DS MedChemExplorer (不含在DS光碟內，需另行安裝)
DS MCE Align/Pharmacophore 　
DS MCE Activity Prediction 　
DS MCE Conformer Generation 　
DS MCE Database Access 　
DS MCE HypoFit 　
DS MCE Molecular Overlay 　
DS MCE Property Calculator 　
Materials Studio
MS Visualizer 提供建造晶體、分子、表面以及高分子材料結構模型所需要之工具，包含分析結構模型，處理圖表、表格或文字等形式資料，並以統一之操作介面發動MS各模組之運算。
MS CASTEP
  1. 先進之量子力學程式。
  2. 廣泛應用於陶瓷、半導體、金屬等多種材料，可研究晶體塊材（半導體、陶瓷、金屬、沸石等）、表面和表面重構之性質、表面化學、電子結構（能帶及態密度）、晶體的光學性質、點缺陷性質（如空位、間隙或取代摻雜）、擴展缺陷（晶粒間界、位錯）、三維電荷密度、拉曼光譜等 。
MS CASTEP Interface MS CASTEP控制介面，以下拉式選單輸入參數 　
MS Discover
  1. 先進之分子力學程式。
  2. 使用分子力學和分子動力學方法，並透過數種仔細推導的力場作爲基礎，可準確地計算出如最低能量構型、分子體系的結構和分子動力學軌跡等。
  3. 分子動力學計算可了解不同時間點的狀態與連續動態過程。
MS QSAR 
  1. 協助研究者根據既有的實驗數據，了解物質結構與性質間之量化關係，並進一步推測相似物質之物理、化學性質。
  2. MS QSAR提供研究者各種descriptors和Genetic Function Algorithm(GFA)分析方法，有效指導材料設計與開發 。

＊MS VAMP Interface、MS VAMP、MS Genetic Algorithms產品功能已併入MS QSAR，成為MS QSAR獨立產品