• 〈道家起源論〉，《中國文學研究》，7期，頁161-186，臺北：臺灣大學中國文學研究所，1993年5月。

• 〈五行系統中的色彩──試論色彩因何存在於系統化五行說中〉，臺灣師範大學國文研究所碩士論文修訂稿；師大國文系研究所集刊，37號，頁141-334，臺北：師大國文研究所，1993年6月。

• 〈感應與道德──從判比儒、道與《易傳》的成德功夫論「道德」開展的另一種模式〉，《國立編譯館館刊》，26卷2期，頁1-25，1997年12月。

• 〈《本草備要》中的認識觀──以《本草備要》為中心重審陰陽五行理論〉，《中醫典籍學報》，2期，1999年12月。

• 〈重審陰陽五行理論：以本草學的認識方法為中心〉，《臺大中文學報》，12期，頁285-364，2000年5月。

• 〈身體認識：文化傳統與醫家──以《黃帝內經素問》為中心論古代思想傳統中的身體觀〉，《中國典籍與文化論叢》，6輯，頁219-255，2000年10月。

• 〈莊子「乘天地之正而御六氣之辯」新詮（上）〉，《大陸雜志》，102卷4期，頁154-159，2001年4月。

• 〈莊子「乘天地之正而御六氣之辯」新詮（下）〉，《大陸雜志》，102卷5期，頁193-221，2001年5月。

•  〈疾病場域與知覺現象：《傷寒論》中「煩」證的身體感〉，《臺大中文學報》，23期，頁61-104，2005年12月。

• 〈身外之身──《黃庭內景經》中兩種辯證的真身圖象〉，醫療與文化研討會，中研院民族學研究所暨中研院臺灣史研究所籌備處主辦 ，2002年10月25日。

•  〈煩憂何得愈？──《傷寒論》中「煩」證的身體感〉，感同「身」受：日常生活與身體感的文化研究研討會，中研院民族學研究所主辦，2004年9月11日。

專　書
專書論文 

• 身體與自然──以《黃帝內經素問》為中心論古代思想傳統中的身體觀》（1996年5月博士論文修訂稿），臺大《文史叢刊》之102，臺北：臺灣大學出版委員會，1997年4月。

• 《渡口芙蓉》（蔡璧名詩選），臺北：建宏出版社，1997年4月。

• 《中國文化基本教材》(一)，合編，臺北：龍騰文化，1999年2月。

• 《中國文化基本教材》(二)，合編，臺北：龍騰文化，1999年11月。

• 《中國文化基本教材》(三)，合編，臺北：龍騰文化，2000年8月。

• 《中國文化基本教材》(四)，合編，臺北：龍騰文化，2000年9月。

• 漢藥的一千零一夜──李欣倫《藥罐子》評介〉，中國時報開卷週報，2003年1月12日。

• 泥丸與丹田──以《黃庭內景經》為中心論魏晉「身體觀」的因革（I），八十八年度行政院國家科學委員會專題研究計畫，1998年。

• 泥丸與丹田──以《黃庭內景經》為中心論魏晉「身體觀」的因革（II），八十九年度行政院國家科學委員會專題研究計畫，1999年。

• 《本草》學中的認識觀（三之一），八十九年度行政院國家科學委員會專題研究計畫，2000年。

• 《本草》學中的認識觀（三之二），九十年度行政院國家科學委員會專題研究計畫，2001年。

• 《本草》學中的認識觀（三之三），九十一年度行政院國家科學委員會專題研究計畫，2002年。

• 道家論述中「聽」的進境與身體感，九十三年度行政院國家科學委員會專題研究計畫，2004年。

• 感同「身」受：日常生活與身體感的文化研究，九十四年度中央研究院專題研究計畫，2005年。