然而，軍事審判的癥結並不在於平時或戰時的區分，而是這項制度本身就有極大的問題。「平時」或「戰時」只不過是緩兵之計，讓軍法體系繼續苟延殘喘，或假裝軍法弊病不存在。釜底抽薪之計是徹底廢除軍事審判，揚棄軍、司法二元制，一切案件都回歸司法體系來進行偵查與審判。

憲法並沒有說一定要設立軍事審判機關，也沒有說軍人一定要受軍事審判。憲法第九條的規定是：「人民除現役軍人外，不受軍事審判。」所以，人民不受軍事審判，是憲法的基本要求。至於軍人要不要受軍事審判，就交給立法機關去決定。湯德宗大法官在釋字第704號提出的協同意見書即謂：「將軍法審判完全改隸司法院，並使軍法官概為憲法第八十條（獨立審判）與第八十一條（終身職保障）之文職法官，並非憲法所不許。」

在戒嚴時期，軍事審判的性質有認為屬於司法權，亦有認為屬於統帥權。持後者看法的多為軍法實務人士，認為軍法本身是在輔助三軍統帥遂行作戰，因此貴在迅速有效，以維部隊紀律，與普通司法有別。如果此說成立，軍法官應該只是三軍統帥的僚屬，不是憲法意義上的法官，其功能就和作戰官、通信官一樣，只在於輔助戰事推展，並非發現真實、維護當事人權益。但是，大法官在1997年台海飛彈危機時，無懼於對岸武力威脅，作成釋字第436號解釋指出：「軍事審判機關所行使者，亦屬國家刑罰權之一種，其發動與運作，必須符合正當法律程序之最低要求，包括獨立、公正之審判機關與程序，並不得違背憲法第七十七條、第八十條等有關司法權建制之憲政原理。」從而確立了軍事審判不屬於統帥權，而歸於司法權的範疇。

但這只是故事的一半而已，另一半則是釋字第436號並沒有解決軍法官的身分問題，軍法官究竟是司法官還是軍官？按照憲法第七十七條的規定：「司法院為國家最高司法機關」，理論上軍事審判機關應該也要劃歸司法院管轄。釋字第436號作成後，軍事審判法大幅修正。但是修正後的軍事審判法，依然由國防部來決定軍事法院的設置地區、編裝員額，最高軍事法院仍舊設於國防部底下，國防部長可以監督各級軍事法院和分院的軍法行政業務。如果軍法官仍舊是軍官，那麼是否仍要遵守軍中倫理，上命下從？如果軍法官仍舊是軍官，考績評鑑、晉階升官、職務調派、退休終生俸全由國防部掌控，那麼軍法官在哪一個意義上可以說是「審判獨立」，又如何可以被視為憲法意義的法官？如果軍法官仍舊被關在封閉的國防體系內，無論軍事審判法再怎麼修改，軍法官終究還是要面對他的學長、長官、軍階、期別，他終究是軍人，終究要背誦軍人讀訓，終究是要奉行「主義、領袖、國家」。

大法官原本可以在去年公布的釋字第704號解釋中處理軍法官身分的問題，但是多數意見自廢武功，解釋文完全不處理「軍、司法二元制」所帶來的困境，僅僅在解釋理由書中輕描淡寫：「如同法官身分之保障與一般公務員不同，軍事審判官身分之保障亦應有別於一般軍官。」大法官為何不敢處理軍法官是否應歸司法院管轄，為何不敢面對憲法第七章有關司法權的各項規定是否適用於軍法官的問題？有大法官認為這是因為釋憲者不能取代立法者進行價值判斷，軍法是否存續，應該由立法者作出最終選擇。固然不錯。然而，進一步追究大法官解釋虛弱無力的癥結，可發現真正的問題出在釋字第436號沒有釐清「一元制」和「二元制」的制度選擇，正如蘇永欽大法官在不同意見書提出的強力批判：「如果這種既不堅持一元，又不放心二元的解釋，反而讓人找不到方向，要這樣的解釋有何用？」

作成第436號解釋的大法官在當時不能不說是勇氣十足，但於今回顧，他們心中恐怕有所踟躕。其踟躕再三之原因莫過於：倘若驟然回歸一元制，軍方阻力必然甚大；但若繼續二元制，明顯於憲法基本原則有虧。因此最後就採取了一個「表面上宣示軍事審判回歸司法權，但實質上留給政治部門決定軍方權力大小」的折衷方案。對許多沒有經歷革命的民主轉型國家而言，這種「鋸齒狀前進」的司法妥協態度，並不少見。然而，在面對未來的同時，釋憲者也必須處理過去。過去是戒嚴時期統治者濫用軍法，壓迫異己，肅清政敵。過去是軍方最大，槍桿子出政權，軍法只是披著法律外衣的殺人工具，而且還只是其中一種而已。如果不能有魄力地揮別過去，埋葬軍事審判制度，如何面對未來？

生存於二十一世紀的台灣人可能忘記了，現在仍然有效的戒嚴法第八條第一項規定：「戒嚴時期接戰地域內，關於刑法上左列各罪，軍事機關得自行審判或交法院審判之。」其中包括內亂罪、外患罪、妨害秩序罪、公共危險罪、殺人罪、妨害自由罪等共計十種罪名，還有各種特別刑法也都算在內。一旦宣布戒嚴後，一般人民觸犯上述法律，都將交由軍法審判。等一下，憲法第九條不是說，「人民除現役軍人外，不受軍事審判」嗎？很抱歉，大法官在釋字第272號解釋，已經將戒嚴法擴張軍事審判的適用範圍，予以合憲化，認為這是「憲法承認戒嚴制度而生之例外情形」。值得注意的是，第272號解釋不是在戒嚴時期作成的，而是1991年。同一群大法官在前一年才宣告萬年國代違憲，但在這號解釋中卻認為一般人民在戒嚴時期受軍法審判，在解嚴後不得再上訴或抗告，因為「此次戒嚴與解嚴時間相隔三十餘年」，為了裁判安定及維持社會秩序，老百姓你就「吞」下去吧！因為無法再上訴，很多在草率的軍法審判下獲罪的政治受難者，一輩子就要背負那個「根本不屬於他」的罪名繼續活下去，直到死後還是「有罪」。大法官遇到軍人就矮了一截，無怪乎時至今日，也不敢處理軍法官身份和軍法體系的問題，只敢說：交給立法部門決定。

因為洪仲丘案件的發生，立法部門終於要再次處理軍事審判法的問題。如同陳新民大法官在釋字第704號的不同意見書指出，釋字第436號應該功成身退了，廢除軍事審判制度，回歸普通司法體系，此乃世界潮流。縱然軍事審判法讓最高法院在部分案件有終審權，但事實審也還是在軍法手中。事實調查不清甚至是錯誤，最高法院僅負責法律審，徒呼奈何。至於戰時平時的區分，陳大法官問：「司法院在戰時是否也是國家最高司法機關」？「戰爭時期所實施的軍事審判制度，正是最容易造成軍事威權濫權、審判草率與不公，荼毒無辜軍人與人民最嚴重的制度」。政府的存在就是要防範權力濫用，美國開國先賢麥迪遜說：「如果人類是天使，就不需要有政府。」軍事審判制度就是權力濫用的溫床，是極權統治者的好朋友，民主社會最危險的敵人。大凡經歷過極權主義荼毒的國家如德國與日本，莫不棄絕軍事審判，即便軍人犯罪也是交由普通法院審理。理論上，普通法院法官的法學素養，對於法條的嫻熟與審判經驗，絕對不會比軍法官更差。而且，軍人犯案若交由普通法院來審理，並由檢察體系進行偵查，對軍人的權益更有保障，不會在長官壓力下扭曲辦案方向，甚至屈打成招。

如果立法院能夠趁此機會，衝決網羅，一舉廢除軍事審判，回歸憲政民主的正途，將創造台灣民主化以來最重要的里程碑，告慰政治受難者在天英靈。惟其如此，洪仲丘之死才不會僅僅停留在「讓部長下台」這種膚淺的政治操作，而是達成「連大法官都作不到」的壯舉，讓生生世世的台灣人民不再生活在軍法審判的陰影底下。